内閣は、平成七年度の水田営農活性化助成補助金についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（平成八年法律第一号）第二条の規定に基づき、この政令を制定する。

（水田営農活性化助成補助金で固定資産を取得した場合の法人税の特例）
第一条
　平成七年度の水田営農活性化助成補助金についての所得税及び法人税の臨時特例に関する法律（以下「法」という。）第二条第一項に規定する政令で定める方法は、固定資産の取得又は改良に充てた金額に相当する金額以下の金額を法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第二十六号に規定する損金経理により引当金勘定に繰り入れる方法（確定した決算において利益又は剰余金の処分により積立金として積み立てる方法を含む。）とする。
２　法第二条第一項の規定は、確定申告書等（租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第二条第二項第十一号に規定する確定申告書等をいう。次項において同じ。）に法第二条第一項の規定により損金の額に算入される金額の損金算入に関する申告の記載があり、かつ、当該確定申告書等にその損金の額に算入される金額の計算に関する明細書の添付がある場合に限り、適用する。
３　税務署長は、前項の記載又は添付がない確定申告書等の提出があった場合においても、その記載又は添付がなかったことについてやむを得ない事情があると認めるときは、当該記載をした書類及び同項の明細書の提出があった場合に限り、法第二条第一項の規定を適用することができる。
４　法第二条第一項の規定の適用を受けた資産については、租税特別措置法第四十二条の四第二項から第四項までの規定（租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号。以下この項において「平成七年改正法」という。）附則第二十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成七年改正法による改正前の租税特別措置法第四十二条の七第十四項の規定を含む。）並びに租税特別措置法第四十二条の五から第四十二条の八まで、第四十三条から第四十六条まで及び第四十六条の三から第四十九条までの規定（租税特別措置法の一部を改正する法律（平成六年法律第二十二号）附則第十五条第十六項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法第四十八条の規定及び平成七年改正法附則第二十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成七年改正法による改正前の租税特別措置法第四十二条の七第十三項の規定を含む。）並びに阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律（平成七年法律第十一号）第十七条及び第十八条の規定並びにこれらの規定に係る租税特別措置法第五十二条の三第一項の規定は、適用しない。
５　法第二条第一項の規定の適用を受けた資産について法人税に関する法令の規定を適用する場合には、同項の規定により各事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入された金額は、当該資産の取得価額に算入しない。

（水田営農活性化助成補助金に係る特別勘定を設けた場合の法人税の特例）
第二条
　法第二条第一項の農業生産法人（以下「農業生産法人」という。）が、同項の水田営農活性化助成補助金の交付を受けた場合において、その交付を受けた日の属する事業年度の翌事業年度開始の日から交付を受けた日以後二年を経過する日までの期間（次項において「指定期間」という。）内に当該水田営農活性化助成補助金の金額（当該交付を受けた日の属する事業年度において当該金額の一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をした場合には、当該取得又は改良に充てられた金額を控除した金額）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良をする見込みであり、かつ、当該交付を受けた日の属する事業年度の確定した決算（法人税法第七十二条第一項第一号に掲げる金額を計算する場合には、同項に規定する期間に係る決算）において当該水田営農活性化助成補助金の額で当該固定資産の取得又は改良に充てようとするものの額を特別勘定として経理したときは、その経理した金額に相当する金額は、当該事業年度の所得の金額の計算上、損金の額に算入する。
２　前項の規定の適用を受けた農業生産法人が次の各号に掲げる場合に該当することとなった場合には、当該各号に定める金額は、その該当することとなった日の属する事業年度の所得の金額の計算上、益金の額に算入する。
一　指定期間内に前項の特別勘定として経理した金額（既に益金の額に算入された、又は益金の額に算入されるべき金額がある場合には、これらの金額を控除した金額。以下この項において「特別勘定残額」という。）の全部又は一部に相当する金額をもって固定資産の取得又は改良に充てた場合　当該取得又は改良に充てた金額に相当する金額
二　指定期間内に特別勘定残額を前号の場合以外の場合に取り崩した場合　当該取り崩した金額
三　指定期間を経過する日において、特別勘定残額を有している場合　当該特別勘定残額
四　指定期間内に解散した場合において、特別勘定残額を有しているとき。　当該特別勘定残額
五　指定期間内の合併により消滅した場合において、特別勘定残額で合併法人に引き継がれなかったものがあるとき。　当該引き継がれなかった金額
３　前条第二項及び第三項の規定は、法第二条第二項において準用する同条第一項の規定又は第一項の規定により損金の額に算入する場合について準用する。
４　前条第四項及び第五項の規定は、法第二条第二項において準用する同条第一項の規定の適用を受けた資産について準用する。
５　第一項の特別勘定を設けている農業生産法人が合併により消滅した場合には、その合併の日における当該法人の特別勘定の金額で合併法人に引き継がれたものは、前三項の規定の適用については、これを当該合併法人に係る第一項の特別勘定とみなす。

　この政令は、公布の日から施行する。