第一条 　種苗法 （以下「法」という。）第二条第一項 の政令で定める植物は、次に掲げる種に属する植物（子実体の生産のために栽培されるものに限る。）とする。

第二条 　法第二条第四項 の政令で定める加工品は、次の各号に掲げる農林水産植物の種類の区分に応じ、それぞれ当該各号に定める加工品とする。

第三条 　法第二条第六項 の政令で定めるものは、葉及び芽とする。

第四条 　法第六条第二項 の政令で定める独立行政法人は、独立行政法人農業・食品産業技術総合研究機構、独立行政法人農業生物資源研究所、独立行政法人国際農林水産業研究センター、独立行政法人森林総合研究所及び独立行政法人水産総合研究センターとする。

第五条 　法第二十一条第二項 の政令で定める者は、農業を営む個人又は農地法 （昭和二十七年法律第二百二十九号）第二条第三項 に規定する農業生産法人とする。

第六条 　法第五十九条第四項 、第六十条並びに第六十一条第二項及び第三項に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るもの（二以上の都道府県の区域内に営業所を設けて種苗を販売する法第二条第六項 に規定する種苗業者（以下「広域種苗業者」という。）に関するものを除く。）は、都道府県知事が行うこととする。

２ 　法第六十二条 及び第六十五条 に規定する農林水産大臣の権限に属する事務のうち、稲、大麦、はだか麦、小麦及び大豆の種苗に係るものは、都道府県知事が行うこととする。ただし、種苗の流通の適正化を図るため特に必要があると認めるときは、農林水産大臣が自らその権限に属する事務（広域種苗業者に関するものに限る。）を行うことを妨げない。

３ 　第一項及び前項本文の場合においては、法中これらの規定に規定する事務に係る農林水産大臣に関する規定は、都道府県知事に関する規定として都道府県知事に適用があるものとする。

４ 　都道府県知事は、第二項本文の規定に基づき、法第六十二条第一項 の規定により広域種苗業者から指定種苗を集取し、又は法第六十五条 の規定により広域種苗業者に対し報告若しくは書類の提出を命じた場合には、農林水産省令で定めるところにより、その結果を農林水産大臣に報告しなければならない。

第一条 　この政令は、法の施行の日から施行する。

第一条 　この政令は、平成十二年四月一日から施行する。

第二十一条 　この政令の施行前に第四十五条の規定による改正前の種苗法施行令第四条第二項の規定により権限を委任された都道府県知事が整備法第三百五条の規定による改正前の種苗法（平成十年法律第八十三号）第五十三条第一項の規定により指定種苗を集取し、又は同法第五十四条の規定により報告若しくは書類の提出を命じた場合については、第四十五条の規定による改正後の種苗法施行令第四条第四項の規定は、適用しない。

第二十二条 　この政令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。

１ 　この政令（第一条を除く。）は、平成十三年四月一日から施行する。

第一条 　この政令は、整備法の施行の日（平成十八年四月一日）から施行する。

第一条 　この政令は、農地法等の一部を改正する法律（以下「改正法」という。）の施行の日（平成二十一年十二月十五日）から施行する。